長崎の歴史と文化に関する資料を展示する博物館。2階に歴史文化展示ゾーンと長崎奉行所ゾーン、3階に企画展示室を備える。常設展のほか企画展、特集展示、町屋展示などを行う。1階にはミュージアムショップ、レストラン銀嶺、伝統工芸体験工房などが設置されている。